Сегодня образовательный процесс в университете организован на 7 факультетах: лечебном; стоматологическом; педиатрическом; медико-профилактическом; фармацевтическом; медицинском факультете иностранных учащихся; профориентации и довузовской подготовки и 3 институтах: военно-медицинском и повышения квалификации и переподготовки кадров здравоохранения, научно-исследовательском институте экспериментальной и клинической медицины. В университете обучаются свыше 7500 студентов, аспирантов, клинических ординаторов, в том числе более 2000 иностранных граждан из более 50 стран мира получают образование на русском и английском языках.