Родился в Шарковщинском районе Витебской области. В 1996 году окончил стоматологический факультет Минского государственного медицинского института. В 1998 году завершил обучение в клинической ординатуре по ортопедической стоматологии на кафедре ортопедической стоматологии БелМАПО. С 1998 года работал ассистентом, а затем (с 2004 года) – доцентом кафедры ортопедической стоматологии БГМУ. С апреля 2013 года по сентябрь 2020 года – заведующий кафедрой ортопедической стоматологии и ортодонтии с курсом детской стоматологии БелМАПО.
В 2002 году защитил кандидатскую диссертацию на тему «Выбор культевой штифтовой вкладки и штифтовых зубов с учетом сохранности стенок каналов корней (экспериментально-клиническое исследование)», а в 2011 году – докторскую диссертацию «Лазерно-оптическая диагностика болезней периодонта и обоснование методов их лечения (экспериментально-клиническое исследование)». В 2015 году присвоено ученое звание «профессор».
Сергей Петрович Рубникович – основатель и руководитель научной школы по стоматологии с использованием клеточных и цифровых технологий. Результаты его научных исследований получили признание в Республике Беларусь и за ее пределами, о чем свидетельствуют научные публикации и выступления на крупнейших международных конференциях и конгрессах, а также неоднократное цитирование публикаций зарубежными авторами. За период научной деятельности он опубликовал более 450 работ, в том числе семь монографий, 35 книжных изданий, 300 статей в ведущих отечественных и зарубежных изданиях. Имеет 20 патентов на изобретения, более 250 актов внедрений в практическое здравоохранение и учебный процесс, автор 21 инструкции по применению, утвержденной Министерством здравоохранения.
За последние годы под научным руководством профессора Сергея Петровича Рубниковича осуществлялись и осуществляются немало совместных финансируемых проектов в рамках научно-технических программ различного уровня. Например, в результате выполнения задания «Акустическaя системa и ультрaзвуковaя aппaрaтурa для формировaния дентинно-пломбировочного соединения» впервые в Беларуси разработан отечественный современный аппарат стоматологический низкочастотный ультразвуковой для формирования дентино-пломбировочного соединения «DENT-35». Данная разработка, представленная в рамках международного конкурса «Лучший инновационный проект и лучшая научно-техническая разработка года», который проходил в городе Санкт-Петербурге в 2019 году, в номинации «Лучший инновационный проект в области медицины» удостоена диплома II степени с вручением серебряной медали.
В результате выполнения отдельного проекта фундаментальных и прикладных исследований Национальной академии наук Беларуси «Провести экспериментальные и клинические испытания биотрансплантата на основе мезенхимальных стволовых клеток жировой ткани, иммобилизованных на биодеградируемом носителе, для применения в лечении болезней периодонта» впервые в Республике Беларусь разработан и внедрен в стоматологическую практику новый метод клеточных технологий в лечении рецессии десны с использованием смеси аутологичных мезенхимальных стволовых клеток жировой ткани с коллагеновым гелем 7%.
В ходе инновационного проекта «Создание и организация деятельности инновационно-производственного Центра по выпуску оборудования и изделий медицинского назначения» совместно БелМАПО, Белорусским национальным техническим университетом, Научно-технологическим парком БНТУ «Политехник» и другими заинтересованными в рамках Государственной программы инновационного развития Республики Беларусь создано новое изделие медицинского назначения «Устройство интраоральное стоматологическое» для предотвращения храпа и апноэ сна, не имеющее аналогов в Беларуси и за рубежом. В сентябре 2020 года оно было удостоено диплома I степени с вручением золотой медали на международном конкурсе «Лучший инновационный проект и лучшая научно-техническая разработка года» (город Санкт-Петербург) в номинации «Лучший инновационный проект (разработка) в области: медицина, санитария, профилактика, здоровый образ жизни, медицинская техника, искусственные органы чувств, импланты и протезы, предметы личной гигиены».
Под руководством Сергея Петровича Рубниковича защищены и утверждены Высшей аттестационной комиссией четыре кандидатских диссертации. В настоящее время он является научным руководителем пяти аспирантов, одного докторанта и шести клинических ординаторов. С 2013 года организовал шесть международных конгрессов, 10 международных конференций и 26 городских и областных научно-практических семинаров, а также 45 мастер-классов по различным разделам стоматологии.
Доктор медицинских наук, профессор Сергей Петрович Рубникович – председатель подкомиссии Республиканской квалификационной комиссии Министерства здравоохранения Беларуси для присвоения квалификационных категорий врачам стоматологического профиля, член проблемной комиссии по стоматологии Министерства здравоохранения Республики Беларусь, действительный член Международной академии стоматологов (ADI) и т. д. Он также главный редактор Межгосударственного научно-практического журнала «Стоматология. Эстетика. Инновации», член редколлегии журналов «Известия Национальной академии наук Беларуси», «Стоматолог», «Современная стоматология», «Инновационные технологии в медицине», «Вестник ВГМУ», «Современная ортопедическая стоматология» (Российская Федерация), «Journal of Stomatological Medicine» (Молдова). Кроме того, Сергей Петрович Рубникович – председатель совета по защите диссертаций Д 03.15.06, член совета по защите диссертаций Д 03.15.04, заместитель председателя Белорусского республиканского общественного объединения специалистов стоматологии.